离子阱的定性问题：空间电荷效应是离子阱一切问题的根源。不管什么样的离子阱，不管怎么去控制阱里面的离子数量，这个效应一直存在。离子互相碰撞会产生离子反应，离子反应的结果导致：
 （1）创造出样品中不存在的离子，给定性带来大大的困扰，专业术语叫“鬼峰（ghost peak）”。
 （2）谱库检索匹配度低，质谱的定性依赖于谱库检索，所谓匹配度低，是指离子阱的谱图和标准谱库中的谱图相似性低，比较难确定被测物到底是不是谱库中那个东西。举个例子，现在人脸识别的准确度很高，但是如果拍出来的照片是糊的或者五官变形的，当然就识别不出来或者会张冠李戴。谱库检索匹配度低的原因：存在鬼峰、碎片离子强度比例畸变等。
 （3）定性结果不稳定，据用户反映，离子阱气质联用如果进样量不同，或者样品的前处理方法不同（如用不同的溶剂萃?。?，出来的碎片谱图可能会不一样。